能去起诉。按照法律来讲,向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间是三年。要是农民工的工资被拖欠了两年,这虽然已经超过了通常的诉讼时效,但要是在诉讼时效期间结束之后,义务人同意履行义务,那就不能以诉讼时效期间过了为理由去抗辩;要是义务人已经自己主动履行了义务,那也不能再要求人家返还。所以,农民工还是可以向法院提起诉讼的,让用人单位把拖欠的工资给支付了。在起诉的时候,得准备好劳动合同、工资发放记录之类的相关证据,这样就能证明双方存在劳动关系以及工资被拖欠的这个事实。法院会根据具体的情况来进行审理和判决,从而保障农民工的合法权益。