首先,根据《最高人民法院关于人民法院民事调解工作若干问题的规定》第二条规定,对于有可能通过调解解决的民事案件,人民法院应当调解。但适用特别程序、督促程序、公示催告程序、破产还债程序的案件,婚姻关系、身份关系确认案件以及其他依案件性质不能进行调解的民事案件,人民法院不予调解。确认合同效力案件依其案件性质而言,属于确认之诉。合同是否有效,关键取决于该合同是否违反法律的强制性规定。故不能调解。但根据第九条的规定,调解协议内容超出诉讼请求的,人民法院可以准许。因此,站在实用主义立场上,从解决问题的角度出发,人民法院在调解时可以不考虑诉讼请求,不考虑合同效力,只要当事人满意,能达成一致,在不违反法律规定,没有损害到国家、本集体经济组织、本集体经济组织其他成员的利益的情况下,这又未尝不可。
其次,对于该类型的案件,人民法院的判决并不能真正的约束到当事人,如果双方不愿意人民法院审查合同效力问题则双方可以协商让原告撤诉,即便是人民法院不准撤诉作出判决,双方也可以达成新的妥协方案,不追究对方责任,法院也只有听之任之,无计可施。再就是庭外和解也不是解决问题的百灵草,因为双方的权利义务关系没有经过人民法院审查,始终处于不确定状态,双方当事人还可能因新的争议再次起诉。这样不仅增加当事人的诉累,浪费人民法院的办案资源,造成“案结了事未了”,又不能实现人民法院价值和功能。归根到底,这是由农村土地承包经营权的私权属性所决定的,它只是一种限制流转而非禁止流转私权,并且私法它奉行的是“法无禁止即自由”的原则,故民事法律法规也赋予了民事主体较大的自由,公权力的干预也是有限的。并且对双方在人民法院主持下达成的调解协议也应当视为对其不合法的行为所作的纠正,并无不妥。
综上,笔者认为,像本案当事人达成的调解协议是双方真实意思表示,内容没有恶意规避法律,没有损害到国家、本集体经济组织、本集体经济组织其他成员的利益,应当予以确认。