商标许可使用合同不是必须在商标局备案,备案不是商标许可合同的生效要件。除法律、法规规定的以备案登记为生效要件的合同类型外,一般的合同(包括商标使用合同)经双方当事人意思表示一致,形式、内容不违法法律的强制性规定,经双方当事人签字、盖章后就已经发生效力。但我国法律规定商标使用许可合同未在商标局备案的,不得对抗善意第三人,意思就是未经备案的,许可双方当事人不得对善意第三人主张商标使用许可的效力,但前提是该第三人应该是善意的。商标许可合同只要双方当事人达成一致,不必备案也合法有效。
参考法条:《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十九条 商标使用许可合同未经备案的,不影响该许可合同的效力,但当事人另有约定的除外。
商标使用许可合同未在商标局备案的,不得对抗善意第三人。
所以商标使用许可合同不备案的话,不会有太大影响。