公司扣员工工资里的社保费,能不能申请仲裁得看情况。按照《中华人民共和国社会保险法》,单位和员工要一起交基本社保费,员工应缴的部分由单位代扣代缴,这是合法的。要是公司扣的是员工该承担的社保费,还及时足额交到了社保经办机构,那这种扣除没问题,这时去申请仲裁很难成功。
但要是公司扣了员工的社保费,却没按规定交到社保经办机构,或者扣的钱比员工该承担的多,那就违法了。遇到这样的情况,员工可以先和公司商量,让公司说明扣社保费的理由,并且拿出缴费凭证。要是协商不成,员工就可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。通过仲裁,员工能让公司退还多扣的钱,补缴欠缴的社保费。
总之,公司扣社保费能不能申请仲裁,关键在于扣除行为符不符合法律规定和劳动合同约定。