先说结论:工伤赔款要不要减去交通事故的赔款,法律有明确规则——医疗费等实际支出的费用不能重复赔,但伤残津贴、一次性伤残补助金这些性质的赔偿可以兼得。简单说,你因工伤同时又被第三人交通事故撞伤,交通事故保险公司赔了医药费,工伤这边不能就同一笔医药费再赔一次,这是损失填平原则,所以用人单位或社保把交通赔的医药费扣掉是合法的。但一次性伤残补助金、伤残津贴、停工留薪期工资属于工伤专属待遇,不因你拿了交通事故赔偿就减少。实务中争议常出在误工费和残疾赔偿金能不能双赔,目前主流观点是残疾赔偿金可以双赔。建议你让单位出具扣除明细,核对扣的是不是同一项目,扣错了可以仲裁要回,别稀里糊涂签了认扣协议,自己的权益要盯紧,该要的一分不能少。