我要从我的公司辞职，但是我跟我的老板的矛盾还没有完全解决，咨询下离职申请影响劳动仲裁吗

既然已申请劳动仲裁，最好是劳动仲裁立案后再办理离职手续。
　　如果用人单位坚持要求现在办理，那么劳动者办理离职手续时需要看清楚，不要在对于仲裁请求不利的书面文字上签字。
　　用人单位解除与劳动者的劳动关系（或者说辞退、开除）分以下三种情况，可以对照下属于哪种情况，应该支付经济补偿或赔偿而没有支付给的，可以在1年内申请劳动仲裁维护自己的合法权益：
　　
1、用人单位与劳动者解除劳动关系，没有任何合法理由，也没有支付经济补偿，劳动者不存在《劳动合同法》39条规定的情形，可以认定该用人单位行为属于《劳动合同法》87条规定的违法解除劳动合同情形，应该支付赔偿金，即每工作一年支付2个月的本人工资，俗称2N；
　　
2、用人单位依据《劳动合同法实施条例》第19条规定情形与劳动者解除劳动关系的，其中符合《劳动合同法》46条规定的，应该支付你经济补偿金，即每工作一年支付一个月本人工资，N；符合《劳动合同法》第40条，并且没有提前1个月通知劳动者的还应多支付1个月工资作为代通知金，俗称N+1；
　　
3、如果劳动者存在《劳动合同法》针对离职申请影响劳动仲裁吗39条的规定的情况，用人单位提出解除劳动关系的，不需要支付任何经济补偿，也不需要提前通知；但是，这需要用人单位举证并且书面通知劳动者解除劳动关系。
　　相关法律依据：《劳动合同法》第3
9、40、4
6、4
7、87条、《劳动合同法实施条例》第19条