我有一个朋友找工作的时候，和他的老板签订了一份关于公司机密的保密协议，是单独签订的，公司单独签的保密合同有效吗

（1）劳动合同与保密协议是不一样的，只要你签了保密协议，保密协议符合生效要件那么就具有法律效力，但是如果部分内容违背法律规定也可以视为部分无效。
　　
（2）根据《劳动法》、《劳动合同法》的规定，用人单位应该自与劳动者建立劳动关系之日起一个月内与劳动者签订劳动合同，超过一个月没有签订劳动合同的，工资双倍计算。超过一年没有签订劳动合同的视为签订无固定期限劳动合同，工资双倍。
　　
（3）你可以主张：补发双倍工资差额
　　
（4）法律依据：
　　《劳动合同法》
　　第十条 建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。
　　已建立劳动关系，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。
　　用人单位与劳动者在用工前订立劳动合同的，劳动关系自用工之日起建立。
　　第十四条 无固定期限劳动合同，是指用人单位与劳动者约定无确定终止时间的劳动合同。
　　用人单位与劳动者协商一致，可以订立无固定期限劳动合同。有下列情形之一，劳动者提出或者同意续订、订立劳动合同的，除劳动者提出订立固定期限劳动合同外，应当订立无固定期限劳动合同：
　　
（一）劳动者在该用人单位连续工作满十年的；
　　
（二）用人单位初次实行劳动合同制度或者国有企业改制重新订立劳动合同时，劳动者在该用人单位连续工作满十年且距法定退休年龄不足十年的；
　　
（三）连续订立二次固定期限劳动合同，且劳动者没有本法第三十九条和第四十条第一项、第二项规定的情形，续订劳动合同的。
　　用人单位自用工之日起满一年不与劳动者订立书面劳动合同的，视为用人单位与劳动者已订立无固定期限劳动合同。
　　第八十二条 用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
　　用人单位违反本法规定不与劳动者订立无固定期限劳动合同的，自应当订立无固定期限劳动合同之日起向劳动者每月支付二倍的工资。
　　补充回答：
　　
首先，楼主要明白，竞业禁止条款是用人单位与董事、经理等高级管理人员之间达成的禁止高级管理人员在离职后的特定时期从事特定职业的一种协议。通过竞业禁止条款可以有效的限制董事、经理等企业高级管理人员在离职后的职业选择，避免上述人员利用在公司取得的商业秘密与公司竞争，是维持公司竞争优势，限制竞争对手出现的有效形式。
　　
其次，竞业禁止的生效条件之
一：劳动者从事的工作掌握公司商业秘密（不掌握公司商业秘密的劳动者不受限制）。
　　《劳动合同法》第二十四条第一款规定：“竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。”
　　生效条件之
二：竞业限制期限，不得超过二年。
　　《劳动合同法》第二十四条第二款规定：“在解除或者终止劳动合同后，前款规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。”
　　生效条件之
三：竞业限制约定要有补偿。
　　《劳动合同法》第二十三条规定：“对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。”
　　所以如果你们约定的内容不符合以上条件之一，那么该竞业禁止条款是不生效的。
　　即使用人单位起诉，诉讼过过程中你也可以以此为抗辩事由行使抗辩权，那么你还是能胜诉的。