一、你不能针对国土资源部门的颁证行为直接提起行政诉讼(一)对颁发城镇土地使用权证的行政行为,应当先行申请行政复议后方能提起行政诉讼。根据《行政复议法》第30条第1款规定:公民、法人或者其他组织认为行政机关的具体行政行为侵犯其已经依法取得的土地、矿藏、水流、山岭、草原、荒地、滩涂、海域等自然资源的所有权或者使用权的,应当先申请行政复议。对行政复议决定不服的,可以依法向人民法院提起行政诉讼。而你的问题正是认为国土部门颁发城镇土地使用证的行政行为侵犯了自己已依法取得的土地使用权,因此你应先申请行政复议。对行政复议决定不服,才可以提起行政诉讼。
(二)你提出行政复议申请可能已经超过法定的复议申请时效。《行政复议法》第9条规定,公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益的,可以自知道该具体行政行为之日起60日内提出行政复议申请;法律规定的申请期限超过60日的除外。领取城镇土地使用权证时,你就应当知晓该具体行政行为,若认为侵犯自身合法权益,可以依法申请行政复议。颁证时间是1997年5月28日,在你签收该证后若有异议,你应当在60日内依法申请行政复议。超过期限,行政复议机关将依照《行政复议法》第17条规定不予受理。
(三)未经行政复议,按照《行政诉讼法》第44条第二款规定,法律、法规规定应当先向行政机关申请复议,对复议决定不服再向人民法院提起诉讼的,依照法律、法规的规定,人民法院将不予受理。
二、你可以针对补偿决定不服提起行政诉讼按照现行《行政诉讼法》第12条第(五)项规定,对征收、征用决定及其补偿决定不服的提起诉讼,人民法院应当受理。本案纠纷的关键点为因房屋登记存在争议,引发征地安置补偿出现矛盾,导致征地行为无法完成。在征地过程中,政府职能部门应当本着实事求是的原则就被征收人的相关房屋权属、城镇土地使用权面积进行合理认定后,发出征收及补偿决定。行政相对人不服的,按照《行政诉讼法》规定提起行政诉讼。以上建议,请你结合案情实际情况参考,依法维护自身合法权益。