工作协议纠纷如何仲裁

先申请，后开庭仲裁。
协议纠纷仲裁程序有以下三个步骤：
1、申请，是指一方当事人根据协议仲裁条款或事后达成的仲裁协议，将发生的争议依法请求仲裁委员会进行仲裁的行为。
2、受理，是指仲裁机构对当事人的申请进行审查后，认为符合受理条件，决定立案进行仲裁的程序。受理是仲裁程序的开始，是仲裁机构开始行使管辖权的标志。
3、开庭和裁决。
开庭是仲裁庭在双方当事人和其他仲裁参与人参加下，对仲裁请求进行实体审理和裁决的活动。开庭是仲裁活动的实质阶段。其目的是查清事实、分清是非、正确适用法律、确认当事人之间的权利义务关系。裁决是指仲裁庭在实体上对当事人权利义务作出裁断。裁决是仲裁审理的最终程序，一经作出即发生法律效力。
法律依据：
《仲裁法》第四条
当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。