协议纠纷的损失怎么算

有约定按约定。
三种确定实际损失的方法：
1、协议中没有约定违约金条款，但是有约定因违约产生的损失赔偿额计算方法的，可按照这个计算方法进行计算。
2、如果协议中，也没有约定因违约产生的损失赔偿额计算方法的，可以凭借相关的款项单据，书面证据来佐证，达成双方协商一致。
3、如果双方就实际损失金额，不能达成协商一致的，可以向法院起诉，由法院审查后进行判决。
法律依据：
《民法典》第五百条
当事人在订立合同过程中有下列情形之一，造成对方损失的，应当承担赔偿责任：
（一）假借订立合同，恶意进行磋商；
（二）故意隐瞒与订立合同有关的重要事实或者提供虚假情况；
（三）有其他违背诚信原则的行为。
第五百零一条　当事人在订立合同过程中知悉的商业秘密或者其他应当保密的信息，无论合同是否成立，不得泄露或者不正当地使用；泄露、不正当地使用该商业秘密或者信息，造成对方损失的，应当承担赔偿责任。