医疗事故超过三年还可以打官司吗

可以。
出现医疗纠纷时，如果当事人就赔偿问题协商不成的，可以向人民法院起诉，而向人民法院主张权利有时效限制的，当事人要在诉讼时效内起诉，医疗纠纷超过3年向法院起诉的，符合起诉条件法院会立案，但义务人有不履行义务抗辩权，起诉人可能会败诉。
法律依据：
《民法典》第一百八十八条 
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。