工人干了十二天，然后就直接不来了，造成我公司损失，可以直接扣除工资吗

用人单位克扣工资，劳动者可以：
一、向本单位劳动争议调解委员会申请调解；
二、到劳动行政部门举报(通常是劳动管理监察大队)；
三、也可以直接申请仲裁；
四、如果对仲裁结果不满意可以在拿到仲裁书后15天之内到法院起诉。
法律依据《工资支付暂行规定》
第十八条 各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。
经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。
第十九条 劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。