厂里扣员工工资合法吗

这是不符合现行法律规定的。
依据《中华人民共和国劳动法》的明确规定，任何企业皆不得擅自克扣员工的薪资，即必须依照既定标准按时以货币形式支付员工当月所得薪酬，严禁任何形式的克扣或者无正当理由的拖欠员工薪金现象。
然而，在以下四种情形下，雇主有权代为扣留劳动者的部分工资:
首先，由用人单位实际代为缴纳并代扣代缴个人所得税;
其次，由用人单位代为缴纳应由劳动者自行承担的各类社会保险费用;
再者，若面临法院判决或裁决，雇主亦有权代扣抚养费及赡养费等相关款项;
最后，法律与法规亦赋予雇主权利，可从劳动者每月薪水中扣除规定范围内的其它必要费用。《工资支付暂行规定》第十五条
用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
（１）用人单位代扣代缴的个人所得税；
（２）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
（３）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
（４）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。