1、本罪与非罪的界限
对于情节一般的殴打、体罚被监管人的行为，不应以犯罪论处，比如，对于监管人员凭一时感情用事，对被监管人扇几个耳光、打两拳，并未造成什么严重后果的，可以给予批评教育或者由其主管部门予以行政处分，而不应以犯罪论处。其次，要将正当的管教措施与虐待被监管人的行为区分开来。根据《监狱法》等监管法规，为保证监管活动的正常开展和维护良好的监管秩序，监管人员在紧急情况或必要时，有权对被监管人采取使用械具、予以禁闭、使用警棍乃至武器等强制措施。这些措施在客观上与体罚、虐待行为相似，实则有本质区别。
2、本罪与刑讯逼供罪的界限
虐待被监管人罪与刑讯逼供罪都侵犯了公民的人身权利和司法机关的正常活动，在客观方面都实施了殴打或其他肉体折磨等侵犯他人健康的行为，主观方面均是出于直接故意。
两罪的区别在于：
(1)客体不完全相同。虐待被监管人罪侵犯的司法机关的活动具体为监管活动，对象可以是一切被监管机关监管的人，包括已被判刑而正在服刑的已决犯、被司法机关怀疑但未判决有罪而在看守所羁押的犯罪嫌疑人与被告人，以及被行政拘留、刑事拘留、司法拘留或劳动教养的人员;而刑讯逼供罪侵犯的司法机关的正常活动具体为审讯活动及证据收集制度，犯罪对象限于犯罪嫌疑人与被告人(包括被监管的犯罪嫌疑人与被告人)。
(2)犯罪主体范围不同。虐待被监管人罪的主体为监狱、拘留所、看守所.法院临时羁押室等监管机构的监管人员，而刑讯逼供罪的主体可以是各种司法工作人员。
(3)犯罪目的不同。刑讯逼供罪行为人的目的在于逼取口供，虐待被监管人罪行为人则无此目的。实践中，司法工作人员(包括监管人员)为了逼取口供而对被监管的犯罪嫌疑人、被告人实行殴打、体罚虐待的，应以刑讯逼供罪定罪处罚。
3、本罪与故意伤害罪、故意杀人罪的界限
根据刑法第248条的规定，殴打、体罚被监管人“致人伤残、死亡的”，以故意伤害罪、故意杀人罪定罪从重处罚。但是应当注意，并非任何殴打、体罚虐待被监管人造成被监管人伤害、死亡的情形，都应以故意伤害罪、故意杀人罪定罪处罚。
对殴打、体罚虐待被监管人造成被监管人伤害死亡的，应具体分析，分别处理：
(1)行为人在殴打、体罚虐待中有轻伤的故意但过失地引起被监管人伤残或死亡的，应以故意伤害罪(引起死亡的为故意伤害致死)定罪从重处罚。
(2)行为人在殴打、体罚虐待中有重伤故意，过失地造成被监管人死亡的，仍应以故意伤害罪定罪处罚。
(3)行为人殴打、体罚虐待被监管人造成轻伤结果的，定虐待被监管人罪。
(4)行为人在殴打、体罚虐待过程中，明知殴打、体罚虐待行为可能造成被监管人死亡，却有意放任的，应对行为人以故意杀人罪定罪处罚。
(5)行为人在殴打、体罚虐待过程中，出于挟愤报复、显示淫威等动机故意杀害被监管人的，对行为人应以虐待被监管人罪和故意杀人罪实行数罪并罚。
4、本罪与报复陷害罪的界限
报复陷害罪，是指国家工作人员滥用职权，假公济私，对控告人、申诉人、批评人、检举人实行报复陷害的行为。就其主体要件、主观方面的故意罪过形式和犯罪动机而言，有些案件是与本罪的这些特征相一致的。
其区别在于：
(1)犯罪的对象不同。报复陷害罪侵害的对象虽然有的可能是被监管的犯罪嫌疑人、被告人，但必须是控告人、申诉人、批评人举报人，而不仅仅是被监管的犯罪嫌疑人、被告人。而本罪侵犯的对象只限于被监管的犯罪嫌疑人、被告人。
(2)主观目的不同。报复陷害罪行为人的目的在于陷害他人，这种陷害的意图，一般表现为希望被害人受到刑事处罚;而本罪行为人的目的一般是为了压服被监管的人。
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