请问，农村自建房，有两个人名的房产证，只有一本，可以分为两本吗

可以的，房产证可以写两个人名字的。　　房产证上加名字及办理费用，主要分为三种情况：　　
第一种情况：有房无贷　　办理流程是：　　
1、带好三证(结婚证、身份证、房产证)正本及复印件。　　
2、去房屋所在地区的房地产交易中心，先在预检窗口告知是来办理房产证增加配偶姓名事宜的，窗口工作人员会审核提交的材料，如果材料齐全就给你们一个号码，然后凭号码去相关窗口办理。　　
3、办理房产证上加名字所需费用：110元手续费，明细如下：80元工本费、25元地籍图费、5元贴花费，如顺利20天后可拿到新的房产证。　　
4、新房产证可以设定密码，房地产交易中心会告知你一个初始密码，之后可自行修改。　　
第二种情况：有房有贷　　办理流程是：　　
1、先银行办理抵押变更手续(具体事宜请咨询各银行)。　　
2、办理房产证上加名字所需要费用：除支付上述110元手续费外，如贷款是纯公积金的，还需另外支付100元;如贷款是组合形式的(公积金商业贷款)，还需另外支付200元。　　
3、其他步骤同“有房无贷”。　　
第三种情况：如果还没有结婚或者没有直系血源关系的，需要在房产证上加名字，情况会复杂很多，因为那将视为房屋买卖，需要交如下费用。　　
1、每平方米2.5元交易费。　　
2、不满5年，
5.5的营业税加1个调税(时间段从产证发证日期到交易日未止)，满5年不需要。　　
3、万分之5的印花税。　　
4、4合同，每本约5元(各区交易中心不一样)。　　
5、男方转让50，所有的税按市场价格计算，如果100万的房子记税值就是50万。　　
6、产证上有几人转让的，产证权益按平均分。