员工不能以怀孕为由,长期不上班,如果超过一定的期限,可以按照公司相关规定按照自动离职处理。根据我国劳动合同法的规定,女职工在孕期、产期、哺乳期的,用人单位不得解除劳动合同。除非劳动者有下列情形之一的,用人单位可以解除劳动合同:
(一)在试用期间被证明不符合录用条件的;
(二)严重违反用人单位的规章制度的;
(三)严重失职,营私舞弊,给用人单位造成重大损害的;
(四)劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系,对完成本单位的工作任务造成严重影响,或者经用人单位提出,拒不改正的;
(五)以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危,使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的,致使劳动合同无效的;
(六)被依法追究刑事责任的。