单位科级干部主动上缴5万元受贿款，单位纪委做何处理

一般是3年以下。具体量刑看情节。
4月18日起开始实施的《关于办理贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释》，对、罪的相关量刑数额作出了进一步的规定。
1、罪数额较大标准，30000元元
2、罪数额巨大标准，200000元元
3、罪数额特别巨大标准，元以上
刑法修正案（九）将刑法
第三百八十三条修改为：“对犯贪污罪的，根据情节轻重，分别依照下列规定处罚：
“
(一)数额较大或者有其他较重情节的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金。
“
(二）贪污数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金或者没收财产。
“
(三)数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产数额特别巨大，并使国家和人民利益遭受特别重大损失的，处无期徒刑或者死刑，并处没收财产。
“对多次贪污未经处理的，按照累计贪污数额处罚。
“犯
第一款罪，在提起公诉前如实供述自己罪行、真诚悔罪、积极退赃，避免、减少损害结果的发生，有第一项规定情形的，可以从轻、减轻或者免除处罚有
第二项、第三项规定情形的，可以从轻处罚。
“犯第一款罪，有第三项规定情形被判处死刑缓期执行的，人民根据犯罪情节等情况可以同时决定在其死刑缓期执行二年期满依法减为无期徒刑后，终身监禁，不得减刑、假释。”