你好，对于员工入厂协议中已注明自离者自动放弃工资违法吗

您好，不合法的。工资是不能拖欠或者克扣的。但是如果有自离的情况，工厂是可以要求赔偿的。擅自离职又称自动离职,是指劳动者不辞而别,不履行法律规定的离职手续,是一种违法行为,其与用人单位的劳动关系实际上处于一种效力待定的状态。《劳动合同法》第九十条　劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。