1、由于你已经离开公司,你必须在离开之日起60日内向公司所在地劳动仲裁委员会申请仲裁。如果你手上有最后公司准你休假一个星期的假条,以休假日满之日起算;如果你手上没有假条,考虑到公司会抵赖你休假一事,最好在休假前最后一天上班之日起算。
2、你的加班证据是什么,如果只有同事证言,风险教高,建议取得一些书面证据,比如考勤卡之类的,否则仲裁委即使认定你加班了也无法确定你加了多少时间的班,怎么给你确定需要补发多少加班工资。
3、保密协议无效,因为没有对你进行经济补偿。
4、不用担心合同违约金的情况,如果能够证明上述第2点,员工以单位拖欠加班工资为由,完全可以解除合同,并且可以要求单位对你进行法定的经济补偿(不需要合同中有约定),金额是:每做一年,可以得到相当于一个月工资的补偿。