我是今年应届生，网上点了应约，但是纸质版三方协议没有盖章，现在不想去了算违约吗

结论：不算。
解析：
不算违约，直接给学校说三方丢了，补办一新三方就行了，学校公司都盖章你也签字才算完成，少任何一个都不算违约。
只要三方协议上面写了字就算生效，如果要违约，三方协议是一定要重新申请了，至于你想怎么解释、涉不涉及到违约金的问题，建议联系学校或导员，然后和公司说清楚，反正马虎不得。
法律依据：
《民法典》第一百四十三条
具备下列条件的民事法律行为有效：
(一)行为人具有相应的民事行为能力；
(二)意思表示真实；
(三)不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。