事业单位病假扣绩效工资是否违法

合法。
1、病假扣绩效是属于合法的，首先员工的绩效是根据员工工作情况而给予员工的奖励性待遇，在达标的情况下可以全额领取，员工请假没有工作，那么就没有绩效工资。员工在病假期间的工资有法律规定，是不得低于当地最低工资水平的80%。所以没有扣员工的基本工资就可以了。病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。
2、根据《关于贯彻执行若干问题的意见》劳部发〔1995〕309号第五十九条
职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。