购房合同补充协议不公平是无效的,可以申请合同无效。
根据我国相关的法律规定,下列合同,当事人一方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销:
(一)因重大误解订立的;
(二)订立合同显失公平的。
【法律依据】
《民法典》第四百九十条,当事人采用合同书形式订立合同的,自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。
在签名、盖章或者按指印之前,当事人一方已经履行主要义务,对方接受时,该合同成立。
法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立,当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务,对方接受时,该合同成立。