1、侵犯的客体不同。投放虚假危险物质罪侵犯的客体是社会公共秩序、投放危险物质罪侵犯的客体是公共安全。
2、投放的物质属性不同。投放虚假危险物质罪所投放的是不具有爆炸性、毒害性、放射性、传染病原体等危险属性的物质、投放危险物质罪所投放的必须是爆炸性、毒害性、放射性、传染病原体等物质。
3、故意的内容不同。投放虚假危险物质罪是以扰乱社会公共秩序为故意内容的、投放危险物质罪则是以危害公共安全为故意内容的。投放虚假危险物质是严重的扰乱了我国的社会秩序,是很容易导致公民的安全受到很大的威胁,只要一旦实施行为那么就会承担法律的责任,但一般在认定犯罪实事时就会从案件的客观、客体、主观、主体各要件来进行确定,这样才能让案件可以顺利的处理,所以,案件的处理都是有法律依据的。