公司不同意员工休年假是否合法

解析：
关于员工申请年假而单位以正当理由予以否决是否合法的问题，答案是肯定的。
根据《中华人民共和国劳动法》（以下简称《劳动法》）以及国务院颁布的《企业职工带薪年休假实施办法》（以下简称《年休假条例》）等相关法律法规的规定，用人单位有权根据自身生产经营和工作实际需要，结合员工个人意愿，合理地统筹安排员工的年休假。
年休假可在一个自然年内进行集中或分阶段安排，原则上不得跨越两个自然年度。
然而，若由于单位生产经营和工作性质特殊，确实需要跨年度安排员工年休假的，则可以适当延长至一个自然年度。
法律依据：
《劳动合同法》第四十五条
国家实行带薪年休假制度。
劳动者连续工作一年以上的，享受带薪年休假。具体办法由国务院规定。