在职职工死亡企业年金扣税合法吗

解析：
依据我国相关法规，企业年金需缴纳相应税费。
针对那些为月度工资收入低于法定费用扣除标准的员工所缴存的企业年金，其企业层面的缴费部分将被纳入工资薪金所得范畴进行计税和扣缴。
税务部门在依法依规征收税款的过程中，必须严格遵守相关法律和行政法规的规定，不得擅自违反这些规定而开征、停征、多征、少征、提前征收、延缓征收或摊派税款。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法》第七十二条
社会保险基金按照保险类型确定资金来源，逐步实行社会统筹。用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。