这种情况下,你可以将总公司和分公司作为共同被告,向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》的规定,劳动合同履行地与用人单位注册地不一致的,有关劳动者的最低工资标准、劳动保护、劳动条件、职业危害防护和本地区上年度职工月平均工资标准等事项,按照劳动合同履行地的有关规定执行;用人单位注册地的有关标准高于劳动合同履行地的有关标准,且用人单位与劳动者约定按照用人单位注册地的有关规定执行的,从其约定。
因此,你可以在劳动合同履行地,也就是分公司所在地申请仲裁。在申请仲裁时,你需要提交相关证据,如劳动合同、工资单、考勤记录等,以证明你与总公司和分公司之间存在劳动关系,以及你在工作中遭受的权益侵害