依据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(三)》第十条来处理。该条规定:劳动者与用人单位就解除或者终止劳动合同办理相关手续、支付工资报酬、加班费、经济补偿或者赔偿金等达成的协议,不违反法律、行政法规的强制性规定,且不存在欺诈、胁迫或者乘人之危情形的,应当认定有效。前款协议存在重大误解或者显失公平情形,当事人请求撤销的,人民法院应予支持。根据该条规定,司法实践中法院或者仲裁只有在协商解除协议存在欺诈、胁迫或者乘人之危的情况下才会判定协商解除协议无效,这一规定同合同法;而在协商解除协议存在重大误解或者显失公平情形下,当事人请求撤销的,人民法院应予支持。签订协商解除协议后发现女职工怀孕,要分为两种情形,一是女职工签订协商解除协议时已经怀孕。这种情况下除非用人单位能够证明当时员工知道自己已经怀孕或者在协议里做了明确约定,不然的话女职工坚持签订协商解除协议时不知自己怀孕,可能被认定为重大误解,从而撤销协商解除协议,恢复劳动关系。二是女职工签订协商解除协议后怀孕。这种情况下由于签订协商解除协议时并不存在欺诈、胁迫或者乘人之危,也不存在重大误解或显失公平,所以协商解除协议有效,不能被撤销。当然,各地司法实践有所不同,还需具体问题具体分析。