员工操作失误导至了我一批货物返厂维修花了五万多元我扣出了他三千元违法吗

根据中国《劳动合同法》相关规定，用人单位扣除劳动者工资需要符合法定情形。您这种情况需要具体分析：首先，要看员工的操作失误是否构成重大过失。如果是一般工作失误，直接扣工资是违法的；如果是故意或重大过失造成损失，可以要求赔偿，但每月扣除金额不得超过当月工资20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。其次，建议您注意以下几点：
1. 要有充分证据证明损失确实由该员工操作失误直接造成
2. 3000元扣除金额是否超过该员工月工资20%
3. 扣除后该员工实发工资是否仍高于当地最低工资建议做法：
1. 先与员工协商赔偿事宜
2. 完善公司规章制度，明确重大过失的认定标准和赔偿比例
3. 如果协商不成，建议通过劳动仲裁解决需要提醒的是，即使员工存在过错，直接单方面扣工资仍存在法律风险。建议您先收集好相关证据，再决定下一步如何处理。