垫付的医疗费如何在赔偿款中扣除

（一）保留证据：务必保留好医院收费票据、转账记录等垫付凭证，用于证明垫付事实和金额。
（二）协商解决：双方协商赔偿时，明确提出扣除垫付医疗费，以扣除后的金额作为最终赔偿款支付给伤者，同时签订书面协议，注明已垫付费用及扣除情况并签字确认。
（三）诉讼解决：若协商不成，垫付方在诉讼中向法院提交垫付凭证作为证据，请求法院在判决赔偿款时扣除已垫付的医疗费，法院会根据事实和证据在判决中明确扣除事宜。

法律依据：
《中华人民共和国民法典》第一千一百七十九条规定，侵害他人造成人身损害的，应当赔偿医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用。在赔偿计算时，已垫付的费用自然应从最终赔偿款中扣除，以避免重复赔偿。