1、员工自动辞职,企业通常是不能扣发工资的。按照《中华人民共和国劳动合同法》,劳动者只要付出了劳动,用人单位就得按照劳动合同的约定和国家规定,及时、足额给劳动者发工资。工资得用货币形式按月发给劳动者本人,不能克扣或者无故拖欠。
2、要是员工自动辞职,并且按照正常流程提前告知了用人单位,还完成了工作交接等手续,企业就没道理扣发工资。但要是员工没提前通知,擅自离职,给企业造成了损失,企业可以要求员工赔偿经济损失。这种时候,企业能从员工工资里扣除赔偿款,不过每月扣除的部分不能超过劳动者当月工资的20%。要是扣除后剩下的工资低于当地月最低工资标准,那就按最低工资标准支付。
3、总体而言,企业一般不能随意扣发自动辞职员工的工资,只有在员工离职给企业带来实际损失,并且符合法定扣除规定的情况下才可以。