结论:劳动合同约定发生争议由上海仲裁,但您实际工作地在重庆,该约定未必有效;劳动争议由劳动合同履行地或用人单位所在地仲裁委管辖,您可选择向重庆申请仲裁。
展开说明:劳动争议处理地有法定规则:仲裁由用人单位所在地或劳动合同履行地的仲裁委员会管辖。若合同约定"上海仲裁"与您实际工作地、单位所在地均不一致,可能因违背便利原则、排除您主要权利而被认定无效或允许您选择实际履行地。您实际在重庆工作,完全可以向重庆的劳动争议仲裁委申请仲裁,不必去上海。建议您:一、保存劳动合同、工资流水、考勤、工作地点证据;二、直接向重庆仲裁委提交申请,注明约定管辖与实际履行地不符;三、单位若提管辖异议,您可主张履行地管辖。以上为一般分析,个案以证据和仲裁委认定为准。