我5月1日签了一份所谓的合作协议，但实际上我按时上下班、服从店里管理，属于事实劳动关系。签字的时候对方没有逐条解释条款，协议写着一式两份，但一直没给我属于我的那一份；协议里还有草稿文字“待确认是否添加”，就印上了离职要扣1000元违约金的内容。在上班期间，店里已经以各种理由乱罚款，前后一共扣了我大约600块钱。现在我已经离职，店家微信通知我还要强行扣除1000元所谓违约金，剩余工资拖到16号才给

结论先说：你签的是"合作协议"却每天按时上下班、服从店里管理，这恰恰说明你可能是事实劳动关系，协议名称改不了实质。法律看实际履行：你接受管理、按排班工作、按月拿报酬，单位自用工之日起就和你建立劳动关系，必须签书面劳动合同、缴社保。协议写"一式两份"但没给你那份，本身就不规范，你可以要求单位交付。你现在要留好工资流水、考勤、排班表、工作群沟通、工牌等能证明实际用工的材料。如果单位不签合同，你还能主张入职超一个月后的双倍工资；不缴社保可向社保稽核投诉。别被"合作""兼职"的说法糊弄，仲裁委和法院最终看你怎么工作，平时有意识留证，维权时才不会被动，权益该主张就主张。以上只是基于一般法律规定的分析，供你理清思路，具体处理请结合当地规定和你的实际证据来判断，遇到金额较大或情况复杂的，建议携带材料当面咨询。

这属于事实劳动关系。所谓离职违约金条款违反《劳动合同法》第二十五条，自始无效；用人单位无权罚款，拖欠工资更是违法。你别急，整理好绿泡泡记录、考勤凭证，直接向劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，要求全额返还克扣款项并支付工资。我是济南的殷德友律师，如果仍有疑问，欢迎追问或一对一咨询。

你按时上下班、受店里管理，这份所谓合作协议很可能按事实劳动关系处理。离职扣一千元违约金，除非服务期或竞业限制，否则无效；乱罚款、克扣工资也不合法，工资应结清。留存考勤、聊天、工资流水、罚款记录，先向劳动监察投诉，不成尽快申请劳动仲裁，要求返还被扣工资和罚款、支付剩余工资，若未签书面劳动合同还可主张双倍工资差额。我是杭州的吴亮律师，如果仍有疑问，欢迎追问或一对一交流。