根据《最高人民法院关于人民法院审理未办结婚登记而以夫妻名义同居生活案件的若干意见》确定:对于男女双方非法同居期间所生子女由哪一方抚养的问题,最好由双方协商解决。在无法协商或者协商不成的情况下,可以到法院起诉,法院会根据子女的利益及双方的具体情况予以判决。哺乳期内的子女,原则上由女方抚养;如果父方条件较好,母方也同意的,也可以交由父方抚养。当子女为10周岁以上不满18周岁的的限制民事行为能力人时,由哪一方抚养,应征求子女本人的意见。
同时可以参考《最高人民法院关于人民法院审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》如下规定确定:1、两周岁以下的子女,一般随母方生活。母方有下列情形之一的,可随父方生活:
(1)患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病,子女不宜与其共同生活的;
(2)有抚养条件不尽抚养义务,而父方要求子女随其生活的;
(3)因其他原因,子女确无法随母方生活的。