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集体制企业改制程序根据法律依据：《城镇集体所有制企业、单位清产核资产权界定暂行办法》第三条：所有在国家各级工商行政管理机关登记注册为集体所有制性质的各类城镇集体企业、单位，包括各类联合经济组织、劳动就业服务企业、有关事业单位，由集体企业改制为各类联营、国内合资、股份制的企业，以及以各种形式占用、代管集体资产的部门或企业、单位，在清产核资中须按照本暂行办法界定产权。
企业改制应以净资产出资。原企业必须依照法律、行政法规规定的条件和要求，清产核资、界定产权，清理债权债务，资产评估。
1、资产评估必须由具有法定资格的评估机构出具的企业资产（包括无形资产）、土地使用权的评估报告。
2、涉及到城镇集体资产的要经国有资产管理部门确认；
3、企业资产转让、出售必须办理资产交割、转让的协议书，并经公证部门或验资部门确认。企业以零资产或以低于其净资产的价格转让出售改制，必须经当地政府或有关资产管理部门审批同意。对于净资产为零或为负数的企业改制，收购方以及其他股东必须重新投入资本金，改制后企业的资本必须达到法定的最低限额。
4、原有企业产权主体暂时难以界定，根据原企业的经济性质，经政府授权，由其主管部门或国有资产、集体资产管理部门代行股权。
5、清理债权债务，落实金融债权。整体改制企业的债权债务要经过原股东和新股东同意，由改制企业承继；分块改制企业的债权债务要经过原所属企业与改制后的企业共同商定，明确债务的继承人，上报工商部门。企业提交经中国人民银行在当地的分支机构确认的金融债权担保文件。