我的组员犯了错，公司要扣组长我三千多工资，公司这个操作是合法的吗？

不合法。用人单位应当按月足额向劳动者支付工资，不得无故克扣劳动者的工资。存在克扣的，属于违法行为。劳动者可以采取以下办法：
1、向劳动保障行政部门（劳动监察大队）投诉，由劳动监察大队责令限期支付，逾期不支付的，可以请求加付赔偿金，赔偿金标准：应付金额百分之五十以上百分之一百以下。
2、以未及时足额发放工资为由，向用人单位所在地或劳动合同履行地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，请求解除劳动关系并支付工资和经济补偿金。若仍想维持劳动关系的，可以只请求支付工资。法律依据：《劳动法》第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。《工资支付暂行条例》第七条工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。

劳动合同法第十九条明确规定，劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。这一条是劳动合同法中仅有的规定劳动者承担赔偿责任的条款。
      可见，新颁布的劳动法律并未规定企业罚款权，企业作为以营利为目的的经济组织，无权制定罚款内容的内部规章。用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务，劳动者如有一般性违纪，应主要通过批评教育的方式来解决;若严重违反劳动纪律或用人单位规章制度，用人单位可依法解除劳动合同。
  　如果你给公司造成损失的，在损失范围内公司可以要求你赔偿。赔偿数额仅限于补偿你给公司造成的损失，不能超出这个数额。如果是从工资里扣的话，当月扣除数额一般不能超过工资20%，当月扣不完的分摊到以后月份。
《劳动法》第九十一条规定，用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：　　
　　
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
　　
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
　　
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
　　
（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。