合同已经履行,购买方因延迟付款等原因,按合同约定向销售方支付一定金额的违约金。这种情况下的违约金,属于增值税暂行条例和《营业税改征增值税试点实施办法》(财税〔2016〕36号文附件1)规定的价外费用。增值税暂行条例实施细则第十二条规定,价外费用,包括价外向购买方收取的违约金和赔偿金。根据上述规定,销售方向购买方收取的违约金属于价外费用,应并入销售额计算缴纳增值税,并开具发票。
《国家税务总局关于增值税若干征管问题的通知》(国税发〔1996〕155号)规定,对增值税一般纳税人(包括纳税人自己或代其他部门)向购买方收取的价外费用和逾期包装物押金,应视为含税收入,在征税时换算成不含税收入并入销售额计征增值税。