城区进行强拆违法建筑的程序有先补偿后拆迁。强拆是不是合法的，要依据具体的情况而定，如果是有合法依据进行的司法强拆，如对违法建筑依法进行拆除、申请并通过法院进行的司法强拆等，就是属于合法的。
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》
第二十七条 实施房屋征收应当先补偿、后搬迁。
作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予补偿后，被征收人应当在补偿协议约定或者补偿决定确定的搬迁期限内完成搬迁。
任何单位和个人不得采取暴力、威胁或者违反规定中断供水、供热、供气、供电和道路通行等非法方式迫使被征收人搬迁。禁止建设单位参与搬迁活动。
第二十八条 被征收人在法定期限内不申请行政复议或者不提起行政诉讼，在补偿决定规定的期限内又不搬迁的，由作出房屋征收决定的市、县级人民政府依法申请人民法院强制执行。
强制执行申请书应当附具补偿金额和专户存储账号、产权调换房屋和周转用房的地点和面积等材料。
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