专利合同存在纠纷如何解决

先协调，协调不成可以起诉。
未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决;不愿协调或者协调不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。
管理专利工作的部门处理时，认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为，当事人不服的，可以自收到处理通知之日起15日内依照《行政诉讼法》向人民法院起诉;侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的,管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行。
进行处理的管理专利工作的部门应当事人的要求，可以就侵犯专利权的赔偿数额进行调解，调解不成的，当事人可以依照《民事诉讼法》向人民法院起诉。
法律依据：
《民事诉讼法》第一百二十二条
当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。