协议过了三年还能起诉吗

可以。
超过了3年也可以起诉，但是面临着极大的败诉风险。具体阐述如下：
1.超过三年过了诉讼时效。
2.虽然超过3年是有效的，可以进行起诉，但是失去了胜诉权，如果被告以诉讼时效已过作为抗辩理由，那无疑是会败诉的。
所以综上可以看出有协议纠纷的一定要在诉讼期内起诉才能有效保护好自己的合法权益。只有在法律规定的诉讼时效内，我们才能够最大限度维护我们的合法利益。
法律依据：
《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。