如何确定运输合同纠纷案件的管辖法院

首先看是否有合法有效的约定管辖的协议，如果有的话，则协议约定的法院有管辖权;如果没有约定，则根据法定管辖来确定管辖法院，即被告住所地法院肯定有管辖权。如果合同已经履行的，则合同履行地法院有管辖权，如果合同未履行，双方约定的合同履行地在合同任何一方住所地的，此约定的合同履行地法院有管辖权，否则合同履行地法院无管辖权。
如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。
因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地法院管辖。
根据我国《民事诉讼法》第34条的规定，非涉外诉讼中的协议管辖只适用合同纠纷的第一审案件;协议管辖是要式行为，必须采用书面形式;协议管辖当事人可选择的法院有原告住所地、被告住所地、合同签订地、合同履行地、标的物所在地的法院;当事人须在协议中对管辖法院作出明确的约定，不明确则管辖无法依协议而确定;当事人选择法院时，不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
法律依据：
《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条　合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。