村民建房违规占用耕地怎么处理

对于非法占有耕地并在此基础之上建设工厂的行为，需依法没收其新近建成的各类建筑及设施，同时可处以相应的罚款。
需要强调的是，这种耕地并不属于某一自然人所有，而应视作集体财产进行管理与支配。
若有人未经过相关审批，或以欺诈方式获取审批，进而非法侵占土地，县级以上政府土地行政主管部门有权责令其归还非法占用之地。
针对那些违反土地利用总体规划，擅自将农用土地变更为建设用地的行为，要求其限期拆除在非法占用土地上建立的各类建筑与设施，恢复土地原始状态。
对于符合土地利用总体规划的情况，则需没收其在非法占用土地上新建的各类建筑与设施，同时可处以相应的罚款。
对于非法占用土地的单位，其直接负责的主管人员以及其他直接责任人，均须依法接受行政处分；
如情节严重构成犯罪的，还将依法追究其刑事责任。《中华人民共和国土地管理法》第七十七条
未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。