申请退税款时填错了入职单位怎么办

不用纳税。
根据《关于财政性资金、行政事业性收费、政府性基金有关企业所得税政策问题的通知》第（二）款规定，对企业取得的由国务院财政、税务主管部门规定专项用途并经国务院批准的财政性资金，准予作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除。本条所称财政性资金，是指企业取得的来源于政府及其有关部门的财政补助、补贴、贷款贴息，以及其他各类财政专项资金，包括直接减免的增值税和即征即退、先征后退、先征后返的各种税收，但不包括企业按规定取得的出口退税款。
因此，外贸商业企业收到的出口退税款不缴企业所得税。