公司员工发放的疫情补贴是怎么发放的？

根据你的问题解答如下, 延长春节假期期间(1月31日-2月2日)。
根据办公厅《关于延长2020年春节假期的通知》规定，为加强防控工作，延长2020年春节假期至2月2日。本次延长春节假期是针对此次采取的防控措施之一。延长的春节假期应属于休息日。2020年1月31日至2月2日期间因防控不能休假和提前结束休假复工的职工，企业应当安排其同等时间的补休，不能安排补休的，按照不低于工资基数的200%支付加班工资
灵活用工阶段(2月3日-2月9日)。
根据各地政府的不同安排，企业复工期不同。比如北京市政府《关于在新型冠状感染的防控期间本市企业灵活安排工作的通知》规定，在2020年2月9日24时前，除涉及重要国计民生的企业外，其他具备条件的企业，应当安排职工通过电话、网络等灵活方式在家上班完成相应工作。劳动者在这两种期间内正常工作的，如何支付工资需要明确。劳动者在2月3日至2月7日期间工作的(包括到单位工作和在家上班)，用人单位应按正常工作期间的工资收入支付工资，劳动者在2月8日、2月9日工作的，用人单位应安排补休或按照不低于工资基数的200%支付加班工资。
2月9日之后仍不能复工的，依据2020年2月7日人力资源社会保障部、全国总工会、中国企业联合会/中国企业家协会全国工商联共同发布了《关于做好新型冠状感染防控期间稳定劳动关系支持企业复工复产的意见》对相关要求。用工单位与劳动者可以协商未返岗期间的工资待遇。在受影响的延迟复工或未返岗期间，对用完各类休假仍不能提供正常劳动或其他不能提供正常劳动的职工，指导企业参照国家关于停工、停产期间工资支付相关规定与职工协商，在一个工资支付周期内的按照劳动合同规定的标准支付工资;超过一个工资支付周期的按有关规定发放生活费。