根据你的描述,员工要求赔偿三年的工资是没有法律依据的。如果员工已经提出了辞职申请,并且你们已经找到了新的替代者,那么你们可以根据公司的规定和劳动合同的约定,与员工协商解决此事。
根据《中华人民共和国劳动合同法》规定,劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位,可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位,可以解除劳动合同。
如果员工在提出辞职申请后,又改变了主意,想要继续留在公司工作,你们可以与员工协商,看看是否可以安排其他岗位或者给予一定的补偿。如果员工不同意,你们可以按照公司的规定和劳动合同的约定,与员工解除劳动合同。
需要注意的是,如果员工在提出辞职申请后,又改变了主意,想要继续留在公司工作,你们不能强迫员工离职,也不能以此为由降低员工的工资待遇或者解除劳动合同。否则,可能会涉及违法行为。