克扣农民工工资违法吗

属于违法行为。
法律依据：
（
1）《劳动争议调解仲裁法》第九条用人单位违反国家规定，拖欠或者未足额支付劳动报酬，或者门投诉，劳动行政部门应当依法处理。
（
2）《劳动保障监察条例》第十七条劳动保障行政部门对违反劳动保障法律、法规或者规章的行为的调查，应当自立案之日起60个工作日内完成；对情况复杂的，经劳动保障行政部门负责人批准，可以延长30个工作日。