农村房屋侵占纠纷怎么处理

解析：
若在农村地区的宅基地遭到了他人的非法占用，被侵害权益者有权直接同侵犯方进行磋商，争取收回被侵占的土地使用权；若是不愿通过协商来解决问题，或者经过多次协商仍未达成共识，被侵害权益者便可选择请求政府部门介入处理此事；若与此同时，当事人对于相关政府做出的处理决策持有异议，他们有权利从接到处理决定通知书之日算起，在三十天内，向当地人民法院提起诉讼。
法律依据：
《土地管理法》第十四条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。