根据现行法律规定:
(1)应当由劳动者提供证据材料证明其存在加班的事实;比如工资单、考勤卡。
(2)如果劳动者证明相关的证据材料由单位掌握,那么单位应当提供。根据现行的法律规定,用人单位有义务提供员工离职前2年内的工资单备查。如果单位不提供,将承担不利的法律后果。
若劳动者没有保留工资单,则用人单位需要提供两年的工资单,劳动者只能获得就这两年的加班工资差额部分。
该公司的《员工手册》长时间未进行修改,劳动合同法在司法实践中法律变化很快,上海市高级人民法院内部指导意见专门对这个问题进行了说明,明确了合同中对工资有约定的,应当按照工资来支付加班费,具体的内容与一审法院中判决写明的理由相同。因此,作为用人单位应当掌握最新的劳动法律,并根据法律的变化及时修改相应的规章制度,避免相应的风险。