总厂开了个分厂.但分厂的营业执照上的法人代表不是总厂老板的名字。但总厂老板要我参与分厂股份签了合作协议。是我和总厂老板同时签名的.但总厂老板不是法人代表.请问合同是否能生效。

不一定。
理论上是的，但实际情况并不都是这样的，有的私营企业为规避责任，法人代表并不是实际控制企业的老板。
法人代表不一定就是公司的老板，是由法人代表人授权的，具体你可以看下参考资料。
法人代表和法定代表人是两个不同的法律概念。 法人代表一般是指根据法人的内部规定担任某一职务或由法定代表人指派代表法人对外依法行使民事权利和义务的人，它不是一个独立的法律概念。法人代表依法定代表人的授权而产生，没有法定代表人的授权，就不能产生法人代表。作为民事权利主体的法人，其法人代表可以有多个。法人代表对外行使权力都要受到法定代表人授权的限制，他只能在法定代表人授权的职责范围内代表法人对外进行活动，他的行为不是法人本身的行动，而是对法人发生直接的法律效力。

你好，有效。