如果小区的地下车库使用权归开发商，那如果以后小区重新改造、翻建，那又如何对地下车库进行权益处理呢

根据你们协议内容约定处理

目前本市房屋附属地下车库共有四大类：
1、根据《上海市民防工程建设和使用管理办法》有关规定，民防工程的投资者可以按照房地产管理的有关规定取得民防工程的所有权。因此，可以取得作为民防工程的地下车库的所有权。按照“谁投资，谁收益”的原则，开发商可以转让和出租。但由于该《管理办法》没有规定作为民防工程的地下车库所有权人其出租期限有多长，所以有的开发商就打起了擦边球，出售使用权70年，这等于是变相出售产权。
2、目前，小区业主车位产权之争大部分就集中在开发商自建的地下车库上。市房地资源局曾于2002年初发布《关于地下车库预售申请及许可证发放等有关问题的操作口径》中规定：“项目附属的地下车库应优先满足本地块范围内房地产权利人购买、租赁。取得预售许可证的地下车库，在预售期间仅可预售给本地块范围内的商品房预购人。”显然，该规定并未禁止车位不可出售给小区以外的购买人。但是如给小区外投资者抢占后再高价出租或出售给小区内有实际需要的业主，显然小区内业主的利益将受到损害。