公司以拒绝加班为由扣了我1000工资，合法吗

原则上用人单位不得对员工工资进行扣罚，除非员工给用人单位造成了实际经济损失，或者按照规章制度的规定，用人单位可以对员工进行经济处罚，但不超过当月工资的20。具体规定如下：
    《劳动合同法》第四条　用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。
    《工资支付暂行规定》（以下简称《规定》）第十二条的规定：非因劳动者原因造成单位停工、停产超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的工资报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理。
   《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。